באותם מקרים, בהם מדובר בעבירות בעלות זיקה צבאית, מועמדים אזרחים עובדי צה"ל לדין בבית הדין הצבאי, עלולים לקבל עונשי מאסר בפועל, להיעצר לפני משפטם ולהיות מורשעים בעבירות הנושאות רישום פלילי.
למרות שלבית הדין הצבאי סמכות שפיטה לפי חוק השיפוט הצבאי על אזרחים עובדי צהל, סמכות זאת מסוייגת למקרים מסויימים בלבד. זאת ועוד, דיני המעצר והשקולים השונים בהעמדה לדין ובענישה לגבי אזרחים עובדי צה"ל הם שונים, ועל העוסק בתיק של אע"צ להכיר את הלכות בית הדין הצבאי לערעורים, ספציפית בנושא זה.